莉的奈叶，在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的能变身为色貂的尤诺，从而掌握了变身成为魔法少女的魔法力量。
跟着某色貂宠物，寻找着异世界的神秘遗产‘圣石之种’，然后就是打打怪，升升级，封印着‘圣石之种’。接着某妹子出来了，发生了激烈的战斗。真是所谓，不打不相识，认识了萌妹子，菲特，同时也建立深厚的‘基情’。
然后又发生等等一系列的魔法事情，然后接着泡萌妹子，打怪。《魔法少女奈叶》的具体内容就是，泡妹子，买萌，打怪，升级，建后宫，搞百合。看着、看着《魔法少女奈叶》，你就会悟出一个真谛，那就是：萝莉王道，御姐神道，女王天道，百合为无上大道。现在我是魔炮暴君，奈叶，我有宠妃菲特、有着胸王八神疾风，着伟大的百合后宫；当时有兴奋、有惊诧、还有着一丝说不出道不明的古怪之情。高町奈叶，是我，我也就是那名超级新一代萌王兼暴君呀！很好很强大哦！创造了百合后宫，后面连女儿都有的，那样伟大百合至尊的存在啊！魔法少女奈叶是一代萌王啊。
可是因我的到来，那名可爱的以炮交友的萌王，或许就消失掉了呢？某奈叶的纠结人生还没有还木有结束呢？是做个魔法少女，还是不做呢？这是个值得思