目前，种子岛家数得上号的派系就是四个——前田，山本，井上，本愿寺。
其中前田派就是以种子岛家第一代家主的后人为主的派系，他们在德川幕府倒台之前，有一半以上的家主都是出自于他们之中，不过在德川幕府没了之后，前田派就没有再出现过一个家主了，所以如今的前田派就是一头廋死的骆驼，虽然看起来是没有重新崛起的希望，但是前人栽下的树还是可以让后人好好乘凉的。
然后是本愿寺派，这一派的人虽然挂着本愿寺的名号，但是他们并没有一个是真的出自本愿寺，只是因为这些人都信奉本愿寺代表的净土真宗，所以才挂着本愿寺的名头代表自己的立场。
接着就是山本派，当年最早接触欧洲人，并开始研制火绳枪的工匠就是他们，只不过当年这一派人的情况比较特殊，是岛津家从岛国各地买来的奴隶工匠，所以在那时就低了种子岛家的其他人一头，因此第一代家主才没有姓山本，不过随着时间的推移，山本派已经摆脱了奴隶的头衔。
最后的井上派就比较特别了，简单的来说就是种子岛家中除了工匠以外的人都属于井上派，所以他们之中有岛津家派来的账房，武士，医生与船夫等等，于是在成立了种子岛家后，这些人就聚在了一起，以一