于同方股份，在水木控本系中拥有着特殊的地位，因其规模、知名度均较另两家上市公司有更大的优势。同方股份是水木控股唯一的直接控股的A股上市公司，后者依托水木大学的科研实力与人才平台，走产学研结合之路，定位于多元化综合性科技实业孵化器，致力于华夏高科技成果的转化和产业化。截至目前，水木控股直接持有同方股份25.75%，紫光集团持股2.35%。
在水木大学的校办企业中，紫光系最为庞大和复杂。紫光集团是一家领先的数字化基础设施和服务企业，并着力发展电子元器件和设备制造产业。截至2018年底，紫光集团在全球拥有4万名以上员工，总资产约为2700亿元。紫光集团是全球第三大手机芯片设计企业，占到全球SIM卡芯片市场份额的20%以上。水木控股持有紫光集团51%的股权，另外49%属于健坤投资。健坤投资的第一大股东是赵伟国，持有70%股权，另外两名股东是李义、李禄媛，各持股15%。
启迪系的平台是启迪控股，后者的控股子公司启迪科服为启迪古汉、启迪环境的控股股东，直接持股比例分别为29.44%、16.56%，启迪科服还通过两家全资子公司持有启迪环境7.48%股份。启迪控股是一家依托水木大学