产业、创新服务、科技金融、创意产业、在线教育等产业群组，控制同方股份、诚志股份、紫光股份、紫光国微、紫光学大、启迪古汉、启迪环境、辰安科技等8家A股公司，合计市值超过了5000亿元。根据今年的排名，今年水木控股位居国内企业500强第87位。
可以说，水木控股底下存在三大系，也就是控本系、紫光系、启迪系。
其中控本系指的是水木控股或其全资子公司直接控制的上市公司，包括同方股份、诚志股份和辰安科技。紫光系以紫光集团为平台，控制紫光股份、紫光国微和紫光学大，参股文一科技等众多上市公司；启迪系通过启迪控股，控制启迪古汉和启迪环境。此外，紫光系、启迪系分别参股多家A股公司，同方股份是泰豪科技的第一大股东。
诚志股份是水木大学控股的一家从事生物制品及医药生产和销售的高科技上市公司。目前水木控股直接持有诚志股份11.76%的股份，通过全资子公司诚志科荣持有33.44%。水木控本系的另一家上市公司辰安科技，主要依托水木大学公共安全研究院的技术优势，从事公共安全和应急技术的产业化，水木控股直接持有辰安科技8.16%股份，通过全资子公司水木控创持股18.68%。
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